อาจกล่าวได้ว่า โยนิโสมนสิการทำงานเชื่อมต่ออยู่ระหว่างสติกับปัญญา เป็นตัวนำทาง หรือเดินกระแสความคิด ในลักษณะที่จะทำให้ปัญญาได้ทำงาน และทำงานได้ผล พูดอีกอย่างหนึ่งว่า เป็นตัวให้วิธีการแก่ปัญญา หรือเป็นอุบายวิธีของการใช้ปัญญาให้ได้ผล

แต่ที่นักศึกษามักสับสนก็เพราะว่า ในการพูดทั่วไป เมื่อใช้คำว่าโยนิโสมนสิการ ก็หมายรวมทั้งการเสนออุบาย หรือวิธีแห่งการคิดที่เป็นตัวโยนิโสมนสิการเอง และการใช้ปัญญาตามแนวทางหรือวิธีการนั้นด้วย หรือเมื่อพูดถึงปัญญาภาคปฏิบัติการสักอย่างหนึ่ง เช่น คำว่า ธรรมวิจัย ก็มักละไว้ให้เข้าใจเองว่า เป็นการใช้ปัญญาเฟ้นธรรมให้สำเร็จ ด้วยวิธีโยนิโสมนสิการอย่างใดอย่างหนึ่ง

ถ้าจะพูดให้เห็นเหมือนเป็นลำดับ ก็จะเป็นดังนี้ เมื่อสติระลึกถึงสิ่งที่เกี่ยวข้องต้องใช้ต้องทำ และเอาจิตกำกับไว้ที่สิ่งนั้นแล้ว โยนิโสมนสิการก็จับสิ่งนั้นหมุนหันเอียงตะแคงเป็นต้นอย่างใดอย่างหนึ่ง ให้ปัญญาพิจารณาจัดการ ซึ่งเป็นการกำหนดจุดแง่มุมท่าทางและทิศทางให้แก่การทำงานของปัญญา แล้วปัญญาก็ทำงานพิจารณาจัดการไปตามแง่มุมด้านข้างและทิศทางนั้นๆ ถ้าโยนิโสมนสิการจัดท่าทำทางให้เหมาะดี ปัญญาก็ทำงานได้ผล

อุปมาเหมือนคนพายเรือเก็บดอกไม้ใบผัก ในแม่น้ำไหล มีคลื่น เขาเอาอะไรผูก หรือยึดเหนี่ยวตรึงเรือให้หยุดอยู่กับที่ จ่อตรงกับตำแหน่งของดอกไม้หรือใบผักนั้นดีแล้ว มือหนึ่งจับกิ่งก้านกอหรือกระจุกพืชนั้น รวบขึ้นไป รั้งออกมา หรือพลิกตะแคง โก่งหรืองออย่างใดอย่างหนึ่ง สุดแต่เหมาะกับเครื่องมือทำงาน อีกมือหนึ่งเอาเครื่องมือที่เตรียมไว้เกี่ยว ตัด หรือทำอย่างใดอย่างหนึ่ง ให้สำเร็จกิจได้ตามความประสงค์

สติเปรียบเหมือนเครื่องยึดตรึงเรือและคน ให้อยู่ตรงที่กับต้นไม้ เรือหรือคนที่หยุดอยู่ตรงที่ เปรียบเหมือนจิต มือที่จับกิ่งก้านต้นไม้ให้อยู่ในอาการที่จะทำงานได้เหมาะเปรียบเหมือนโยนิโสมนสิการ อีกมือหนึ่งที่เอามีดหรือเครื่องมืออื่นทำงานเกี่ยวตัด เปรียบได้กับปัญญา 1564

อย่างไรก็ตาม ในที่ทั่วไป พึงจับเอาง่ายๆ เพียงว่า โยนิโสมนสิการหมายคลุมถึงปัญญา คือ มนสิการด้วยปัญญานั่นเอง

อนึ่ง เมื่อโยนิโสมนสิการกำลังทำงานอยู่ สติก็จะยังอยู่ด้วย ไม่หลงลอยหลุดไป ดังนั้น สติ กับโยนิโสมนสิการ จึงเกื้อกูลแก่กันและกันในวิปัสสนา